München-Kreuzviertel * Das Theatinerkloster wird durch eine kurfürstliche Entschließung aufgehoben und das Vermögen eingezogen. Nach der Klosteraufhebung geht die Nutzung der Gebäude zunächst an das kurfürstliche Minsterial-Département und das Oberste Justiz-Kollegium über. 

Kurfürstentum Baiern * Das kurfürstliche Dekret zur Aufhebung der Bettelordensklöster in Baiern beginnt mit der Feststellung,

• dass die Bettelorden die „Fortpflanzung des Aberglaubens und der schädlichen Irrtümer“ begünstigen und
• die Entstehung und Entwicklung „richtiger Begriffe der moralischen Bildung im Volke“ verhindern,
• weshalb die fortdauernde Existenz der Mendikantenklöster zwecklos und schädlich für die Bürger ist.  

In Altbaiern sind davon einundneunzig derartige kirchliche Einrichtungen betroffen. In München sind folgende Bettelorden betroffen: Kapuziner, Franziskaner, Karmeliten, Karmelitinnen, die Benediktinerinnen am Lilienberg , die Paulanerinnen im Lilienthal und das Pütrichkloster. 

Zur zweckmäßigen Einrichtung der Bürger- und Landschulen wird ein Schulfonds eingerichtet, der aus dem Vermögen der aufgehobenen Orden gebildet wird, da es an anderweitigen staatlichen Mitteln mangelt.

Zur sofortigen Verminderung der Insassen werden

• alle Ausländer, das heißt, die nicht in Pfalzbaiern geborenen Klostermitglieder, in ihre Heimat geschickt,
• die Laienbrüder in die Prälatenklöster versetzt und
• Kleriker, die noch keine Profeß abgelegt haben, entlassen.
• Neuaufnahmen und das Überwechseln von Ordensangehörigen in andere Klöster wird streng untersagt.
• Priestermönche können unter bestimmten Voraussetzungen in den Weltpriesterstand übertreten, was dem Staat die Pensionskosten einsparen hilft.
• Alle übrigbleibenden Klosterindividuen sollen in Zentralklöster - in Wirklichkeit Aussterbeklöster - ihres Ordens verbracht werden.
• Außerdem ist den Franziskanern künftig nur noch Predigt und Beichthören in der eigenen Ordenskirche erlaubt, jedoch keinerlei Seelsorgeaushilfe.
• Dazu unterstehen sie der verschärften Aufsicht der zuständigen Landrichter.

Als Unterhalt für die Franziskaner setzt man, da ihnen das Almosensammeln verboten worden ist, jährlich 125 Gulden fest, zahlbar aus dem Vermögensfonds der nichtständischen Klöster.

• Der Inhalt des Aufhebungsdekretes wird öffentlich nicht bekannt gemacht.
• Die ganzen Vorbereitungen der staatlichen Klosteraufhebungen laufen bis zur Ausführung im Wesentlichen geheim.
• Das verstärkt die Unsicherheit und lässt jede Gegenwehr erlahmen.
• Ebenfalls besteht Unkenntnis über die Befugnisse der eingerichteten Spezialkommission. 

Ausgenommen vom kurfürstlichen Aufhebungs-Dekret der Bettelordensklöster sind - aufgrund ihrer Tätigkeit in der Krankenpflege beziehungsweise im Schulwesen - die Klöster der Barmherzigen Brüder sowie der Englischen Fräulein und der Elisabethinerinnen. Das Kloster der Ursulinen in München wird mit den Nonnen de Notre Dame in Nymphenburg vereinigt.

In der Haupt- und Residenzstadt München gibt es nur ein ständisches Kloster: das Klarissen-Kloster zu Sankt Jakob am Anger.

München-Lehel * Der mit der Klosteraufhebung betraute Rechnungskommissär Ilg findet Anfang Februar 1802 im Leheler Kloster zehn Patres und einen Frater vor. Die Hieronymiten werden den Bettelorden zugerechnet, weshalb man sie konsequenterweise in die Aufhebung der nicht-ständischen Klöster mit einbezieht.

Weil aber die Hieronymiten im Lehel auch die Seelsorge versehen, können sie die allgemeine Klosteraufhebung - trotz einiger Probleme - einige Jahre überdauern. 

München-Graggenau * Aufhebungskommissar Graf Philipp von Arco ist mit der Auflösung des ältesten Mönchskonvents der Stadt beauftragt worden. Ein genaues Inventar des Franziskaner-Klosters ergibt ein recht bescheidenes Kapitalvermögen. Umfangreich war hingegen der Bestand an Kunstwerken zur Ausstattung der Kirchen mit nicht weniger als fünfundzwanzig Altären.

Die Aufnahme des Personalbestandes ergibt,

• dass im Hauptkloster Sankt Anton dreißig Patres, drei Kleriker und vierzehn Laienbrüder leben,
• im Hospiz am Anger sind vier Patres und ein Laienbruder,
• im Hospiz Josephsburg drei Patres und ein Laienbruder untergebracht. 
• Einen Laienbruder schickt man als Ausländer in seine Heimat Berchtesgaden zurück. Vier weitere Ausländer lässt man aus triftigen Gründen vorübergehend im Kloster. 
• Für einen nicht transportfähigen alten und kranken Pater setzt sich Graf Arco nachdrücklich ein: „Ihn seinem Schicksal überlassen, hieße der ganzen Klosteraufhebung den Stempel der Grausamkeit aufdrücken und würde eine üble Wirkung bei dem Volke zurücklassen“. 
• Fünf Laienbrüder werden in Abteien verwiesen, die übrigen Franziskaner sollen möglichst bald nach Ingolstadt gebracht werden.

Die Ordensmänner wissen zwar, dass ihr Kloster aufgehoben wird, darüber hinaus sind ihnen aber weder der genaue Zeitpunkt noch die besonderen Umstände mitgeteilt worden.

München-Graggenau * Es ergeht eine weitere wichtige Instruktion zur Klosteraufhebung. Sie ist unmittelbar für das Franziskanerkloster St. Anton in München bestimmt, wird aber richtungweisend für die tatsächliche Durchführung der Klosteraufhebungen.

Sofort nach Erhalt der Instruktion muss sich Graf Arco in das Kloster begeben, das Bargeld zählen und das übrige Klostervermögen feststellen. Anschließend haben sich alle Klostermitglieder im Refektorium zu versammeln, wo ihre Personalien, Beschäftigungen und besonderen Einsätze schriftlich festgehalten werden. Bei diesem überfallartigen Vorgehen geht es um Geld und sonstiges für die Staatskasse interessantes Vermögen und um weitere Einsparungen für den Staat.

Dem Kommissar ist eingeschärft worden, „diesen Auftrag in der vorgeschriebenen Ordnung mit allem Eifer, Schnelligkeit und der Sache angemessenen Anstand in Vollzug zu bringen“. Die Ergebnisse gehen an die Spezial-Klosterkommission.

Der weitere Inhalt der Instruktion lautet kurz gefasst:

• Alle Ausländer sind umgehend in ihre Heimat zu schicken; sie erhalten 25 Gulden Zehrgeld und einen Reisepass; aber Abreisetag und Reiseroute werden genau festgelegt. 
• Wer gesund und nicht zu alt ist, muss drei Tage nach der Mitteilung auswandern; nur einige Alte und Gebrechliche erhalten Aufschub bis April. 
• Das Sammeln auf der Reise ist den Mönchen strengstens verboten.

Alle inländischen Laienbrüder, die in das bürgerliche Leben zurückkehren wollen, erhalten zum Auszug 25 Gulden und die nötigen Kleider.

• Diejenigen, die den Ordensstand nicht verlassen wollen, sind - bis auf wenige, die noch zu den nötigsten Hausarbeiten als Gärtner, Köche, in der Brauerei und so weiter benötigt werden - auf die oberpfälzischen oder baierischen Prälatenklöster als Konventdiener oder Pfründner zu verteilen.
• Die nach Abzug der Kranken und Ausländischen verbliebenen sieben Laienbrüder des Münchener Franziskanerklosters sind in ständische Abteien zu schicken.

Die kurfürstliche Verordnung gibt auch Anweisung über den möglichen Rücktritt von Priestermönchen der Mendikantenorden in den Weltpriesterstand.

• Diese Mönche müssen sich einer Prüfung durch die Spezial-Klosterkommission unterziehen. Dabei werden weniger ihre theologischen Kenntnisse begutachtet, sondern vielmehr festgestellt, „ob die Austretenden auch im Sinne der Staatsauffassung genügend aufgeklärt“ sind. 
• Haben die Aspiranten ihre Prüfung bestanden, erhalten sie von der Kommission die Erlaubnis zum Überwechseln mit einer jährlichen Pension von 125 Gulden.

Hofmark Berg am Laim * Die seit dem Jahr 1693 bestehende Zusammenarbeit zwischen der Michaels-Bruderschaft und dem Franziskaner-Orden dauerte bis zur Klosteraufhebung im Rahmen der Säkularisation an.

Bis diese staatlich verordnete Zwangsmaßnahme eintritt, verrichten die Münchner Franziskaner zum heiligen Antonius von Padua den Gottesdienst und die Seelsorge in den franziskanischen Frauenklöstern der Stadt und leiteten auch deren Wirtschaftsbetriebe. Bei den etwa sechzig Klarissen zu Sankt Jakob am Anger besitzen die Mönche eine ständige Niederlassung. Dieses Hospiz wird zumeist von zwei Patres und einigen Brüdern bewohnt.

München-Angerviertel - Wien * In der Haupt- und Residenzstadt München gibt es nur ein ständisches Kloster: das Klarissen-Kloster zu Sankt Jakob am Anger, dessen Äbtissin Mitglied der Landschaft ist. Es ist eines der siebzig Landsässigen Klöster in Altbaiern, das durch den verfassungsrechtlichen Schutz erst im Jahr 1803 aufgehoben werden kann.

Auch Österreich zieht - damals noch als baierischer Verbündeter - einen erheblichen Gewinn aus der Aufhebung der baierischen Klöster. Diese haben ihre Aktiva - aufgrund der in Baiern nicht vorhandenen Bankhäuser - bei der Wiener Bank angelegt. Nach der Klosteraufhebung kassiert Österreich diese Guthaben ein und beschlagnahmt deren Grundherrschaften, vor allem Weingüter in Südtirol und in anderen habsburgischen Gebieten. Baiern muss dagegen die Schulden der Klöster übernehmen.